从中科院以及獐子岛方面的解释来看，海水温度异常及其带来的连锁反应是导致此次数亿海产品绝收的“罪魁”，但《每日经济新闻》记者发现，獐子岛官方网站曾撰文称，公司与中科院海洋研究所合作，通过种种监测设备和监测手段，实现了对獐子岛海洋牧场的“24小时监测”，獐子岛海洋牧场变成了“数字化海洋”。对此，有业内人士质疑道，为何在海水温度异常已经持续一段时间的情况下，公司这套严密的监测手段却一筹莫展？如果提前监测到了，是不是能够提前捕捞以减少损失？
对于此次亏损，獐子岛解释称，2014年9月15日至10月12日，公司按制度进行秋季底播虾夷扇贝存量抽测，发现部分海域存货异常。依据公司抽测结果，决定对105.64万亩海域，成本为73461.93万元的底播虾夷扇贝存货放弃本轮采捕，进行核销处理；对43.02万亩海域，成本为30060.15万元的底播虾夷扇贝存货计提跌价准备28305万元，扣除递延所得税影响25441.73万元，合计影响净利润76325.2万元，全部计入2014年第三季度。
对于存货异常，亩产下降的原因，经过交流和讨论，中国科学院海洋研究所专家达成四点共识。
1，2014年1~8月的水温波动幅度高于历年中等水准，北黄海冷水团强度减弱，宽度加大，水温日变幅加大。较大的水温日变幅会对虾夷扇贝生长、存活产生影响。
2，受北黄海冷水团和辽南沿岸流锋面影响，獐子岛西部底播海域的底层水温在6~8月下旬波动很大，气温日较差达4℃左右。水温日变化频繁且幅度较大将对虾夷扇贝生长、存活产生较大影响。
3，北纬38°55以南海域，因受北黄海冷水团东北部外缘影响，虾夷扇贝不适生长期较北部增加2个月，虾夷扇贝最佳生长适温期逐渐缩短，从北部区域的6个月减至南部区域的4个月，生长适温期短。较低的水温也影响贝类饵料生物的生长，特别是对深水区域的饵料生物负面影响更大，易造成虾夷扇贝的基础摄食率不足，生长趋慢和营养积累不足。
4，与2010年相比，2014年主要增养殖海域中的可溶性氮含量增加，磷含量显著减少，硅含量增加，氮磷比上升，推测上述变化导致了浮游植物的种类和数量发生明显的变化，虾夷扇贝饵料藻类质量下降。
总结中科院海洋研究所专家的观点，獐子岛百万亩海域绝收主要是受到海水温度异常及其导致的一系列连锁反应影响。对于这类非正常现象，公司是不是有足够的监测手段提前发现并未雨绸缪、做好减灾工作，而不是面对气象灾难一筹莫展？
在獐子岛官方网站上，有一篇发布于2011年12月14日的报道提及，2009年，中科院海洋所与獐子岛集团合作，在獐子岛海域内放上了浮标群，通过浮标群将海上的温度、气象、海洋物理、海洋化学等数据通过GPS卫星系统传递到设在青岛的中科院海洋所的黄海海洋观测基站室里，并通过点、线、面结合，对空间、水面、水体、海底一体化的多要素同步观测，对獐子岛海洋牧场实施24小时监控。在2013年年报中，獐子岛也表示，公司在獐子岛海域构建了北黄海冷水团监测潜标网，对底层水温变化实施24小时不间断监测，提升了海域环境监控能力。有必要注意一下的是，獐子岛此次受灾的根本原因正是北黄海冷水团温度异常。
上述报道还表示，“这犹如给大海装上了千里眼、透视机，为獐子岛渔业的科学养殖奠定了坚实的数据支撑与保障。獐子岛集团研发中心张晓芳说，浮标群的设立，将獐子岛海洋牧场变成了数字化海洋。”
据了解，中科院的北黄海浮标布设在獐子岛南部海域和獐子岛增养殖底播区内，基站安置在海珍品原良种场。架设的浮标通过配置的气象仪、温湿传感器、气压传感器、波浪传感器、流速仪、表层水温传感器、盐度仪、水质测定仪、沉积物捕捉器、浊度计、营养盐测定仪等仪器(进行监测)。
中科院专家提及，1~8月的水温波动幅度高于历年中等水准，獐子岛西部底播海域的底层水温在6~8月下旬波动很大，气温日较差达4℃左右，这表明公司海域水温异常并非突然而至。对此有业内人士指出，为何上述严密的监测手段并未及时有效地发现海水温度异常？还是说发现了之后并未引起公司足够重视、未做好保护措施？若公司提前捕捞，损失是否能大幅降低？
鉴于此次事件的重大影响，獐子岛10月31日在大连向媒体、投资者举行灾情说明会，公司董事长兼总裁吴厚刚、执行总裁梁峻、首席财务官勾荣、总裁助理兼董事会秘书孙福君、中科院海洋所所长助理刘鹰、大华会计师事务所注册会计师董群先、公司第一大股东长海县獐子岛投资发展中心法人代表石敬信出席。
孙福君首先表示，这次事件为20年未遇，根本原因是冷水团。公司已采取积极措施挽回损失。预计未来几年(产量)会稳定。政府正在想办法，帮公司争取政策，如降低海域使用金等，此前是60元一亩，现在正在争取10元一亩。
大华会计师事务所随后进行了专项说明，他们进行了实地查验，对多个点位进行了监测，发现一网下去没有网到东西。大概有一百万亩海域准备放弃，因为采补产生的费用远高于收益。为什么计提这么多，是因为监测捞上来的都是死壳。
接着刘鹰发言，他表示，经监测，今年1月到8月(北黄海)水温波动高于历年中等水准，虾夷扇贝生长期缩短2个月。
梁峻介绍道，黄海冷水团起源于菲律宾，每年4月形成，到9月逐渐消失。遭遇冷水团，越小的个体耐受性越强，监测发现最近播种受影响很小。在出示了长海县海洋牧场的规划图后，梁峻介绍，2014年，公司计划底播60万亩，原先计划每亩收100公斤。
吴厚刚表示，这次灾难来得突然，带来深度思考，公司已在调整有关政策。他表示，总结今年公司发展，总体运行平稳，有很大的进步，尤其是积极拥抱互联网。虽然遭遇灾难，但公司全体仍然团结稳定，精神饱满。所以坚信，2015年一定会实现稳产。他呼吁大家冷静思考，处理好眼前利益和长远利益的关系，共同和公司度过短暂的难关。
獐子岛的发布会，并未打消市场疑虑。在微博、股吧以及雪球上，网民展开了大讨论，其中有人质疑：首先，以前并未出现类似的情况，为何在三季报末突然爆发出来？其次，此次出事的海域中有2011年底播的苗，至今已经3年，为何到了收获期忽然出现(这种灾难)？此前公司的检测制度去哪儿了？再次，究竟是公司自己的养殖存在问题，还是确实是天气原因？
财务专家刘姝威在其朋友圈发表看法称，最有发言权的是气象专家和海洋专家。如果气象专家说，没发生自然灾害，或者海洋专家说，气象变化不会影响海产品，那么就是獐子岛造假。否则，獐子岛就是遭遇了一次自然灾害。
此外，财税专家马靖昊在微博上发表看法称，獐子岛存货巨亏只能存在以下两种可能：1，如该上市公司所说，遇到百年不遇的冷水团；2，獐子岛的关联方将上市公司资金占用了，最后却不能偿还，因此獐子岛只好将套走的资金通过“虾夷扇贝底播面积增加”，成为其存货虚假增长的主要“挡箭牌”，然后通过提取减值准备，一洗了之。
申银万国[微博]农业分析师赵金厚则表示，对獐子岛应加强日常监测，而投资者应该认识到农业股的风险所在。农业公司由于经营项目的特点，自身存在比较大风险，养殖类公司通常面临疫情、天气突变等自然灾害风险，股价也存在较动性。在成熟的证券市场，农业股估值通常较低。但在A股，炒作较为普遍，不可控风险通常被忽略。
另有财务专家这样认为，农业股自身行业的特殊性决定了其生产流程或者存货等方面是难以审计的，不单单是水产养殖，包括园林苗木等都是无法核实其真实数据的。
不管是什么问题造成了本次巨亏，獐子岛复牌后连续跌停已是大概率事件，而从公司三季报公布的股东情况看，社保基金无疑是最大受害者。
在獐子岛三季报中，公司前十大流通股东中社保基金占据三席，其中社保414组合以1049.95万股的持股量，三季度刚进入公司前十大流通股股东行列；社保108组合799.97万股持股量未变；社保110组合三季度增持了119.99万股，总持股量为758.68万股。三家社保基金组合总计持股2608.6万股。
按照公告，獐子岛11月3日还将继续停牌，不过复牌后股价连续跌停已是大概率事件，而不少券商机构也为此下调了公司评级。
此外，中投证券根据目前披露的灾害信息，也下调了獐子岛盈利预测，公司调整后的2014~2015年EPS分别为-1.08元、0.35元(此前为0.20元、0.65元)。鉴于公司2014年将出现重大亏损，但根据目前信息，公司2016年及之后年度扇贝产量暂未受一定的影响，因而将公司投资评级由“强烈推荐”下调至“推荐”。
